Ett år efter händelserna i anime-serien börjar Rintarou Okabe drabbas av allvarliga biverkningar och minnesöverbelastning efter alla sina tidsresor.
Plötsligt försvinner Okabe helt från verkligheten, och hans vänner glömmer bort att han någonsin har funnits. Kurisu Makise är den enda som bär på svaga minnen av honom. För att rädda Okabe från att raderas ur existensen för gott måste Kurisu navigera mellan tidslinjer och konfrontera det emotionella priset för tidsresor.